JR은 'JAPAN RAILWAY'의 약자로, JR이 민영화하긴 했지만 그 성격은 한국의 철도관광공사와 비슷하다. 일본 전역에 거미줄처럼 연결된 노선을 가지고 있으며, 도쿄  여행할 때는 야마노테센, 케이힌토호쿠센, 추오센, 소부센, 그리고 조반센 등을 많이 이용하게 된다.

야마노테센(山手線)

서울의 2호선과 같은 순환선으로 대부분의 관광지를 야마노테센 하나로 이동할 수 있을 정도로, 여행객들이 가장 많이 이용하게 되는 노선이다. 재미 있는 사실은 JR 노선도에서는 초록색으로 표기 되는 반면, 지하철 노선도에서는 흰색과 회색이 번갈아 표시되어 있는 선으로 표기된다는 것. 야마노테센은 녹색이라는 생각때문에 지하철 노선도에서 헤메는 일이 종종 있으니 참고하자.

케이힌토호쿠센(京浜東北線)

야마노테센을 타러 플랫폼으로 이동할 때 같은 플랫폼에서 야마노테센과 같은 방향으로 이동하는 짙은 하늘색 전철을 많이 보게 될 것이다. 바로 케이힌토호쿠센으로 야마노테센하고는 타바타(田端)에서 시나가와(品川)역까지의 구간이 동일하다. 특히 10:30~15:30분까지는 야마노테센과 겹치는 14개의 역 중에서, 타바타, 우에노(上野), 아키하바라(秋葉原) , 동경(東京), 하마마츠죠(浜松町),타마치(田町), 시나가와역만 정차하는 급행으로 운행되기 때문에, 목적지까지 더 빨리 움직일 수 있는 장점이 있다. 

추오센(中央線)

야마노테센의 중앙을 가로지르며 신주쿠역과 도쿄역 사이를 최단시간에 이동할 수 있는 노선. 차체는 주황색. 야마노테센을 탈 경우  12개의 역을 거쳐 30분 정도 소요되지만, 추오센을 탈 경우 간다(神田), 오차노미즈(御茶ノ水駅),그리고 요츠야(四ツ谷)등, 3개역만 정차해서 도쿄역까지 20분 만에 도착할 수 있다. 물론 가격도 190엔으로 둘다 동일하다. 신주쿠역을 지나 지브리스튜디오가 있는 미타카역(三鷹駅)를 갈 때 많이 이용한다.

소부센(総武線)

추오센과 마찬가지로 야마노테센의 중앙을 가로지르며 신주쿠와 아키하바라(秋葉原)를 연결하고있는 노선. 차체는 노란색. 같은 구간에서 추오센이 3개 역만 정차하는 급행이라면, 소부센은 8개의 역 모두 정차하는 완행. 또한 추오센이 오차노미즈역에서 간다를 지나 도쿄역으로 이동하지만,소부센은  아키하바라를 거쳐 치바현으로 이동하는 차이점이 있다. 신주쿠나, 아키하바라에서 도쿄돔시티로 이동할 때 편리하다.

조반센(常磐線)

도쿄에서 주로 치바현 북부로 이동할 때 이용하게 된다. 우에노에서 출발한 열차는 닛포리, 미카와시마,미나미센주,키타센주를 거쳐 마츠도로 이동하게 된다. 최근들어 미카와시마 인근에 한인촌이 형성되면서, 조반센을 이용하는 여행자도 부쩍 늘어났다.